刀剣そのものである少女・巫剣（みつるぎ）たちが、架空の時代・銘治（めいじ）で悪しき存在・禍憑（まがつき）たちと戦いを繰り広げたのも今や昔。時代は現代に移り変わり、“戦い”という彼女たちの存在意義は薄れていった。だが、禍憑の脅威は今後も人間たちを脅かすはず……。そこで巫剣たちを管理する御華見衆（おはなみしゅう）はとある計画を実行に移す。ソード・オブ・グロリア――巫剣たちが五人一組のチームを組み、その闘争本能を呼び覚ますため、互いに激突する剣術大会である。その舞台として用意された学校・御華学園に多くの巫剣たちが集められ、徐々に舞台は整っていった。そして、鍛冶師としての修行を積んできた久斗と、戦場に咲く花と謳われた可憐な巫剣・城和泉正宗が出会ったことで、運命は動きだす。