ときは、戦乱と刀の時代が終息し、新たに幕が上がった「銘治時代」。
　巫剣使いとして修行中の少年・小次郎は、三十二年式軍刀甲や五虎退吉光など、強く可愛く健気な名剣の乙女〈巫剣〉たちと共に、平和を掻き乱す災いの影を討つべく旅を続けていた――。
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