敵組織《ルビーアイ》最強の能力者《リキダイザー》の罠に嵌まりながらも、絶体絶命の危機から脱出したミノル。しかしその代償として、《リフラクター》小村スウは瀕死の重傷を負ってしまう。
　《孤独者》のコードネームを冠するミノルは、以前は《みんなの記憶から消えてしまいたい》という願望を持っていたが、スウとの共闘、同級生・箕輪朋美との再開や、母親代わりの義姉・典江との交流によって、この世の中に自分が存在する意味を見出し、スウの回復を祈るのだった。
　しかし、そんなミノルの心の変化を、世界は待ってはくれない。メンバーを欠く《特課》に危険な影が忍び寄る。
　《刺撃者》──。
　正体不明、目的不明の敵に、ミノルとユミコが挑む！