謎の地球外有機生命体に寄生された少年・空木ミノル。　彼は自身の能力≪孤独≫を武器に、人類の敵≪ルビーアイ≫にからくも勝利する。　その日、ミノルは≪加速者≫ユミコから、≪組織≫へ誘われる。組織の役割とは、人間に危害を加える≪ルビーアイ≫能力者の撲滅だった。共闘を依頼されたミノルは、加入するかわりに、あることを要求する。　それは、彼自身の≪存在≫の消去。　ミノルは、≪誰も自分のことを知らない世界≫を追い求めていた……。　彼の次なる敵は、最も危険で狡猾な相手、≪酸素≫を操る≪発火者（イグナイター）≫。　絶対的な≪孤独≫を抱く少年による、闘争の日々が幕を開ける――！