武骨な傭兵カイルと無垢な少女ナイン。汚染された空の下、二人は出会い――。

汚染物質に覆われた世界で傭兵のカイルが出会ったのは、遺跡の深奥で培養液に浮かぶ少女だった。名前はなく、言葉も上手く理解できない、幼い機械の少女。
「お前に名前は無いんだ。分かるか？」
「ナイン？　わたし、ナイン！」
未知の戦闘能力を備えたナインと、なぜか彼女のマスターとして認定されてしまったカイル。彼らは楽園へと通じているとされるヘブンズゲートを求め、人類に見捨てられた世界を旅することに。
ある時は親子のように、またある時は兄妹のように。そして、ある時は恋人のように。旅の中で変わっていく二人の関係。そして未来へ希望を見出した先に流れる、ナインの涙の理由とは――。
これは世界の終わりに結ばれる、愛の物語。